Os primeiros conflitos entre a sociedade majoritária e os Marubo ocorreram durante as expedições portuguesa e espanhola. O contato ocorreu há aproximadamente um século e meio, durante a invasão dos Caucheiros e mais de 50% deste povo veio a morrer. Os confrontos armados, entre eles e os indígenas, perduraram por vários anos. A pacificação ocorreu devido aos surtos viróticos que os forços a procurar medicamentos junto aos não índios. Com o contato consumado os caucheiros passaram a utilizar os indígenas como força de trabalho e introduziram o consumo de bebidas alcoólicas na sociedade Marubo. Assim eles se aproveitaram da embriagues dos indígenas para exterminar os que resistiam ao contato e roubar suas mulheres. Mesmo após 150 anos de contato os Marubo ainda mantém o uso da pajelança e de plantas medicinasis para curar várias enfermidades.